AU 电子邮件列表 B2C 电子邮件列表 识阈值是报告映射位置所需

识阈值是报告映射位置所需

高测绘速度;因此,我们无信息的子读。除非另有说明,在本研究中将ubread与其他对准器进行比较时,使用次重复作为截止值。ubread在索引构建程序中提供了一个选项(’-f’),以便用户可以在适当的情况下调整此阈值。任何投票支持读取的相同映射位置的信息性子读取集称为共识集。一般来说,一次阅读将有多个共识集。部分原因是不明确,因为子读段可以映射到多个位置,但也因为读段的不同区域可能真正源自参考序列的不相交区域,

例如,因为读段可能跨越一个或多个外显子–

外显子连接。每次读取的最大共识集决定其映射位置。当不存在唯一的最大共识集时,由于映射到不同位置的两个或多个共识集具有相同的票数,因此选择覆盖基因组中更多碱基的共识集。如果仍然存在平局,则根据或读取区域与每个候选区域之间的洪都拉斯电子邮件列表汉明距离来打破平局。有多少子读和多少票?确定映射算法的其余参数是从每次读取中选择的子读取数量和共识阈值。共的最小子读取(投票)数量。

进行了广泛的模拟研究以确定这些参数的最佳值

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补充材料)。针对万个bp读取的映射,检查了从到个的子读取数量以及从%到非盟电子邮件列表读取数量的共识阈值。毫不奇怪,随着任何固定子读数量的共识阈值增加,灵敏度降低,准确性提高(补充图)。然而,将共识阈值设置为子读数的~%,在广泛的子读数和去除无信息子读的截止值的准确性和灵敏度方面提供了良好的性能(补充图)。从计算成本的角度来看,较少数量的子读取是优选的。考虑到所有评估结果,我们决定从每次读取中选择个子读取,并使用的共识阈值进行映射。

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